Teste de DNA baseado em chip errado mais do que certo para variantes muito raras

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O tipo de chips usados ​​em alguns testes de DNA do consumidor luta para separar mutações raras do ruído experimental, e um resultado positivo para uma variante rara do gene causador de câncer tem mais probabilidade de estar errado do que certo. Os resultados para variantes comuns são melhores, no entanto.

Chips de polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) são uma maneira mais barata de mapear genomas do que o sequenciamento genético completo. Usando grades de centenas de milhares de contas que reagem a variantes específicas do gene brilhando em cores diferentes, esses chips podem mapear quaisquer partes de todo o genoma que seus projetistas escolherem. Eles são precisos para variantes genéticas comuns do tipo que podem rastrear ancestrais ou que estão vinculadas ao risco de diabetes tipo 2, mas com variantes genéticas mais raras, torna-se muito mais difícil separar dados de ruído.

Caroline Wright, da Universidade de Exeter, no Reino Unido, e seus colegas agora mostraram que os chips SNP podem localizar variantes comuns de dois genes ligados ao câncer, chamados BRCA1 e BRCA2 com precisão de 99 por cento. Porém, com variantes mais raras, era mais provável que mostrasse um falso positivo ou um falso negativo do que uma precisão.

O estudo das equipes usou dados do UK Biobank, que começou a coletar amostras de DNA para pesquisa de 500.000 pessoas em 2006. Todas essas amostras são processadas com chips SNP, mas a equipe de Wright analisou um subconjunto de quase 50.000 pessoas (55 por cento das quais eram mulheres) que também haviam sido testados com sequenciamento genético completo.

Variantes no BRCA genes podem ser transmitidos por qualquer um dos pais e dezenas estão relacionados ao câncer. Pessoas informadas incorretamente que têm variantes causadoras de câncer enfrentam exames adicionais e cirurgias potencialmente desnecessárias. Aqueles que forem informados incorretamente de que não possuem as variantes genéticas podem perder as intervenções preventivas.

A equipe descobriu que apenas 17 por cento das 189 pessoas que receberam um positivo BRCA resultados de testes de SNP mostraram ter essas variantes por sequenciamento do genoma. Das 45.678 pessoas que receberam autorização do SNP, 65 mostraram-se realmente positivas. Outras 70 pessoas que tiveram resultados negativos dos dados SNP foram revelados por sequenciamento como tendo uma ou mais das 43 variantes causadoras de câncer.

A equipe também investigou variantes raras entre pessoas que enviaram seus próprios Resultados do teste de DNA de várias fontes para o Personal Genome Project UK para pesquisa aberta. Apenas 21 indivíduos enviaram dados de SNP e de sequenciamento, mas todos eles tinham uma variante do gene que havia sido rotulada incorretamente pelos chips SNP.

Wright diz que os dados revelam que os chips SNP são “extremamente pobres” para detectar variantes de genes raros. Na verdade, para um indivíduo, um resultado positivo para uma variante patogênica muito rara tem mais probabilidade de estar errado do que certo.

Ela adverte que qualquer pessoa que receba um resultado negativo para variantes causadoras de câncer de um teste de DNA de consumidor não deve ter certeza de que o risco de câncer hereditário é baixo. Tampouco devem procurar intervenções médicas após um resultado positivo sem que os dados sejam validados por sequenciamento pelo médico. “Simplesmente não é a tecnologia certa para o trabalho”, diz ela.

A maioria dos testes de DNA de consumidores depende de chips SNP, embora os usados ​​agora tenham se beneficiado de vários anos de pesquisa e desenvolvimento adicionais em comparação com aqueles analisados ​​nos dados do Biobanco do Reino Unido por este estudo. Muitas empresas anunciam que seus testes podem rastrear BRCA variantes, mas muitas vezes procuram apenas um pequeno número das mutações mais prevalentes.

Referência do jornal: BMJ, DOI: 10.1136 / bmj.n214

Artigo alterado em
16 de fevereiro de 2021

Correção:Corrigimos quais variantes de genes foram incorretamente rotuladas por chips SNP no Projeto Genoma Pessoal.

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